ルーツには仏教の教えと神道のしきたり

----「女人禁制」は、誰が何のためにつくったシステムなのでしょうか。

権力のある者が自分たちの権力や権威を維持するために、ある特定のひとを支配するためにつくったシステムです。もっといえば、男性が女性を隷属させようとつくった制度ともいえるでしょう。

----もう少し詳しく教えてください。

さかのぼれば、釈迦は「性の交わりに耽る者は教えを失い、その行為は邪である」と、出家者の性行為を厳しく禁じました。性そのものを卑しいとみると同時に、女性との関係を断つべしと性否定をしたのが、仏教における女人禁制の始まりでしょうか。
男性中心主義を教義化した結果、仏典には女性を口汚く侮辱したことばが読めます。その際たるものは、10世紀に中国で成立した『血盆経（けっぽんきょう）』という経典で、「血の穢れ多きゆえに地獄に堕ちたものである女性を救う」と書かれています。この「血」は出産のときの血をさしたようですが、のちに生理の血も加えられ、女性は「不浄」「穢れ」のために地獄に堕ちるという観念がつくり出されていきます。

神道で、天皇家が、「穢れ」の対極にある「スメル」という状態を好んだことも、女人禁制につながっていったと思われます。
その考えは、９世紀ごろ、宮廷からつくられていきました。天皇のことを「スメラミコト」と記述しており、民俗学者の折口信夫によると、「スメラ」は尊貴なものに対する敬称、「ミコト」は神言を伝達する人・ミコトモチの略です。「スメ」という言葉の意味が「スメル（澄める）」にあるという説もあります。天皇及び天皇が住まいしていた宮廷が特別のところだという意味を付加するために、天皇が行う宮廷儀礼はすべて「スメル」すなわち「穢れのない」という状態で執り行われたようです。「穢れ」とは、人や動物の死や出産・生理の血など、非日常的なものを指し、『源氏物語』にも、宮廷の女性が妊娠すると「宮下がり」といって宮廷を離れたと記載されています。古代史研究者の西郷信綱が、「宮廷儀礼がひどくケガレを忌むのも、それがスメル状態を濁す力と見なされていたからである」と論じています。

「穢れ」観念が社会意識化され「秩序」に

----非日常的なものを排除するという宗教的な観念が、女人禁制をつくりだしたということでしょうか。

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そうだと思います。
死は再生の意味をもち、産小屋にはしめ縄が張られていましたし、生理も初潮を迎えることが一人前になる意味をもっていたので、もとより最初から穢れと考えられていたわけではありませんでした。
しかし、この世に非日常的な世界が存在すると思う「穢れ」観念は、やがて社会意識化されていったのです。

出産が家の中ではなく、産小屋を集落のはずれに設けてそこで行われたことが、その分かりやすい例でしょうか。出産を非日常なものとして、生活の場以外のところに隔離し、産婦を介助するのも女達だけとされました。生まれてきた赤ん坊は、かつて、間引きされることも多かったのですが、それも女の仕事。赤ん坊が生まれてきた瞬間に首を絞めたり、口や鼻を押さえて窒息死させたりということも少なくなかったようです。出産介助も間引きも女性が担ったのは、出産を穢れとした経緯があったからだと思われます。

----男性も、女性から生まれてくるのに・・・。当時の人たちは矛盾していると思わなかったんでしょうか？

人権意識などなかった時代ですからね。「女人禁制」のみならずそこで生まれた決まりや禁忌は、ある特定のひとを支配する装置となり、社会化され、秩序となっていきました。
そうすると、一方で、神に祈って出産の「汚穢」を除き去る儀礼も生まれます。それが「祓う」ですね。神道では、大雑把にいうと、生理は７日間、出産は１ヶ月、身内などの死は１年というふうな期限付きの「穢れ」をいい、そのあと「穢れ」がなくなり、元に戻ると定めています。